Desa Matobe pada awalnya dikenal dengan nama Berikopeg, sebuah wilayah tanah adat milik keturunan Sigigri dari suku Saleleubaja yang menetap di Taikako. Wilayah tersebut kemudian diberikan kepada Sorolaggai, menantu Sigigri, untuk dijadikan tempat tinggal bersama keluarganya. Dalam proses perpindahan, Sorolaggai juga mengajak masyarakat dari suku Salamanang untuk membuka permukiman, bercocok tanam, dan membangun kehidupan bersama di daerah Berikopeg. Nama Matobe berawal dari kegiatan masyarakat membersihkan sungai yang dipenuhi pohon haru, yang dalam bahasa Mentawai disebut tobe. Saat kegiatan tersebut, sebuah beliung berharga milik warga jatuh dan tenggelam di sungai. Peristiwa itu membuat masyarakat mulai menyebut wilayah tersebut dengan nama Tobe, yang kemudian berkembang menjadi Matobe. Seiring waktu, penduduk Matobe semakin bertambah dengan kedatangan berbagai suku Mentawai. Permukiman baru kemudian berkembang di beberapa wilayah, seperti Keleu, Taikaguruk, dan Taikarusuk. Masyarakat tetap menjaga hubungan adat, batas tanah pusaka, serta hak pemakaian tanah yang telah disepakati bersama pemilik tanah adat. Pada tahun 1983, Matobe secara resmi terbentuk menjadi sebuah desa yang awalnya terdiri atas tujuh dusun, yaitu Tapuraukat, Cempungan, Tunang, Sarere, Bubuakat, Mangaungau, dan Polaga. Setelah terjadinya gempa bumi dan ancaman tsunami pada periode 2007–2011, sebagian masyarakat berpindah dan membuka kawasan relokasi baru. Perkembangan tersebut kemudian membentuk wilayah-wilayah permukiman yang menjadi bagian dari Desa Matobe hingga saat ini.